工资扣个税的计算，需依据《个人所得税法》的税率和速算扣除数进行。具体分两种情况：
1. 居民个人工资收入：应纳税所得额=工资总额-6万元（年基本减除）-5000元/月专项扣除（五险一金）-专项附加扣除（子女教育、继续教育等）-其他扣除；再按3%-45%超额累进税率及速算扣除数计算个税。
2. 非居民个人工资收入：应纳税所得额=月收入额-5000元减除费用，适用按月换算的综合所得税率表计算。
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工资扣税过程中需注意法律风险：
1. 税款多缴/少缴风险：如员工漏报专项附加扣除导致多缴税，需申请退税；少缴税款会被追缴，还可能产生滞纳金和罚款。
2. 证据链风险：若无法提供工资条、社保缴纳证明等资料，与单位就个税金额争议时，可能因证据不足难以维权（如单位少代扣代缴，员工无工资条无法申诉）。
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工资扣个税的法律依据是《中华人民共和国个人所得税法》，具体计算规则：
- 第三条：综合所得适用3%-45%超额累进税率。
- 第六条：居民个人综合所得=年收入-6万元-专项扣除-专项附加扣除-其他扣除；非居民个人工资薪金=月收入-5000元。
- 居民个人需先算全年应纳税所得额，对照税率表及速算扣除数计算全年个税；非居民个人按月计算后适用换算税率表。
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特殊情形影响工资扣税：
1. 专项附加扣除可减应纳税所得额：依据《个人所得税法》第六条，子女教育、房贷利息等支出可申报扣除，降低应纳税额。
2. 免税收入不纳入计税：根据《个人所得税法》第四条，省级政府等颁发的奖金、国债利息等免征个税，计算时从工资总额中剔除。

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