综合工时制下加班工资的计算，需根据超出标准工时的具体情况来确定。具体分以下两种情形说明：
1. 若综合计算周期内总工作时长超过法定标准工时（以周、月、季、年等为周期，平均日、周工作时间与法定标准基本一致，即每日8小时、每周44小时），超出部分视为延长工作时间加班。
2. 若在法定休假日安排劳动者工作，无论综合计算周期内总工时是否超标，均需支付法定休假日加班工资。
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综合工时制下，劳动者追讨加班工资时，可能遇到以下法律风险：
1. 证据链不足风险：比如，劳动者仅口头称在综合计算周期内存在超时工作，但无法提供经用人单位确认的考勤记录、加班通知等书面证据，而用人单位又否认加班事实，此时劳动者会因证据不足难以得到仲裁机构或法院支持。
2. 诉讼时效风险：假设劳动者在2023年1月发现用人单位未支付2021年10月的综合工时制加班工资，若2024年2月才申请劳动仲裁，就已超过一年仲裁时效；除非能证明存在时效中断或中止的情形，否则其主张可能不被受理或败诉。
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关于综合工时制加班工资的计算，可依据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定来具体分析。该法条明确：“有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。”在综合工时制中，当计算周期内总工时超出法定标准工时，超出部分属于“延长工作时间”，应按150%支付加班工资；法定休假日安排工作则直接适用300%标准，且不能用补休替代，这是综合工时制加班工资计算的核心法律依据。
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处理综合工时制加班工资问题时，劳动者若存在以下错误操作，易导致权益受损，需特别注意：
1. 忽视考勤记录留存：部分劳动者认为综合工时制考勤不重要，不注意保存打卡记录、加班通知等，一旦发生纠纷，会因无法证明加班事实而难以维权。
2. 对法定休假日加班工资认识有误：误以为综合工时制下法定休假日加班可用补休代替，或用人单位已支付正常工资就无需额外支付，实际上法定休假日加班必须支付300%工资，且不能用补休替代。
3. 超过仲裁时效主张权利：主张加班工资的劳动争议申请仲裁的时效为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起算；若超过时效，可能丧失胜诉权。
如果您发现自己存在上述错误操作或正面临相关困扰，可以咨询我，我会为您提供解答，避免权益进一步受损。

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